09 Apr 2021 #7 Fireside Chat with Dr. Kazumasa Z. Tanaka 01:58:20 OISTの田中和正さん(@Kazu_ZT )をゲストにお招きし、OISTの研究環境、新PIのラボ運営、これからの研究方針、過去の研究の裏話などについて伺いました
Show notes:
Editorial Notes:
ニライカナイ!今学部生に戻ったら元ラボと田中先生のラボで迷ってただろうな(宮脇)
独立直後にしてラボメンバーのネタは基本的に自由、という器のデカさにびっくり!Neuro2022でオフ会@那覇でも企画してブチ上がれる世界線になることを期待(萩原)
とても楽しかったです!ゲストに呼んで頂きありがとうございました。みんなが自分の興味の赴くままに楽しく研究のできる環境を作っていきたいです。面白いアイデアを持つ優秀なメンバーに恵まれ、PIとしての腕を試されている毎日です。今後の成果にご期待ください。(怒られ回避のために付け加えておくと、研究室内の研究テーマは全て私の研究構想の範疇です!) (田中)
16 Jan 2022 #31 New moves, new variants 02:43:26 大陸をまたいでの2人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異(AAV.CAP-B10)や弱毒ワクチン(YFV-17D)について(1/4収録)
Shownotes:
Editorial Notes:
AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜(宮脇)
仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。 (萩原)
02 Aug 2022 #42 A catalyst for DIY optics 01:44:43 Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました(6/5収録)
Show notes:
Editorial notes:
楽しかったです!ありがとうございました。入社して5年経つのにいまだに毎日学びの連続です(まだまだひよっこ?)。企業に就職するなら分野を変えてみるのもお勧めかも。学生・ポスドクは研究に集中できる時だと思うので、ぜひ思い切り研究を楽しんで下さい。(勝木)
DIYサポートは自分で光学系を組むハードルがグッと下がりますね。無料なのはユーザーとしては嬉しいですが、お金を払いたいという気持ちも…(宮脇)
だいたいどこにでも出てくる坂野先生と立花隆...!
PhD取得後の就職先としてThorlabsのような魅力的なoptionが数多くできれば、PhDに進学することがリスクでもなんでもなくなり、結果的に日本のアカデミアのレベルも上がると思ってます。(萩原)
30 Mar 2021 #6 You can (not) watch the movie 00:31:40 雑談回。エヴァ(観てない)、シン・ゴジラ、ボストンの海鮮、ワクチン、ヘイトクライム等について。
Show Notes:
Editorial Notes:
巨神兵東京に現る、はシン・ゴジラじゃなくてQとの同時公開でしたね…記憶力を強くしたい…(宮脇)
>Qとの同時公開 うーん、すると観てるはずなんですが記憶にない...
シン・ゴジラのキャスティングはほぼほぼ全員よかったのですが、特にノーメイク+前髪脂ぎってベタベタになった市川実日子が、人の肌の陰影のコントラストをやたらに高めた画作りも相まって最高に味が出ていてよかったですね。あと高橋一生は2枚目でない変人をやらせた方がハマる、というのを再確認。 (萩原)
26 Jul 2022 #41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2 01:31:32 齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました(7/9収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
僕のボストン、Harvard、MIT、Broad、Feng Zhangラボへの愛がほとばしってしまってます。。。ちなみにBroad Institute of “MIT and Harvard”はMITからはHarvardとみなされ、HarvardからはMITとみなされてるようで、僕はどちらの日本人コミュニティにも属してません。。。留学を考えている学生さんで何かお困りのことがあったら連絡をいただければと思います!また論文出たらゲストとして出させてくださいー。(齋藤)
確かにBroadはMIT感あります。オフレコのトークも面白かったです笑 またぜひ!(宮脇)
「クリスパーネタはリサチャでやれよ」という怒られが発生するかなと思ってたんですが、宮脇氏がだいぶ予習してくれたおかげでなんとか体面は保ったんじゃないでしょうか。(萩原)
01 Jun 2022 #38 Latent dynamics 02:09:01 Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス@MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
仮説に合わないorストーリーにとって都合のよくないor説明のつかない、データをそのまま出してくるモーザーラボのスタイルはストロングスタイルとしか言いようがないですね。葬り去るのは論外として、自分なら何かしら説明がつくまでは外に出すのは躊躇してしまいます。(本物の)ブリトー美味そう。(萩原)
麺屋武蔵いいですね…。解析手法開発論文の読解は、本文を読むだけじゃ無くて、コードを自分で動かしてみて、ってとこまでやらねばですね(宮脇)
18 Feb 2022 #33 Reviewing the Art of Review 01:49:34 生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談(2/12収録)
Show notes:
雑談編
ピアレビュー編
Editorial notes:
査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました(宮脇)
『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原)
17 Apr 2025 #88 Absolutely not absolute 02:14:40 予算カット、2年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)
Show Notes (番組HP ):
論文紹介
Editorial Notes:
26 Mar 2024 #73 The yellow light for RdLight 02:39:39 健康診断、3年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP ):
文献紹介パート
Editorial Notes:
ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)
引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
18 Jun 2021 #15 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 2 01:52:12 前回に引き続き、井上夫妻 (@feynman1104 , @s_k_inoue ) をゲストに、これまでとこれからのキャリア、ポスドクのお金事情、アメリカでの子育て、生活tips等について伺いました。(5/28収録)
Show notes:
Editorial notes:
前々から、お二人にはいつかお話を伺ってみたいと思っており、一方で、同時出演していただくのは難しいかな~と想像していました。この度は快くダブル出演依頼を引き受けて頂き本当に感謝感謝です。お子様とデイケアの方にも!(宮脇)
お金にpriorityを一切置いてないのでこんな職を選んだわけですが、お金の話は意外と楽しくできてしまうという...Cash Is King! (萩原)
後半は生活感がかなり出ていますね(笑)。こういう話は周りに留学している人がいないと聞く機会がないかもしれませんので、海外(アメリカ)に出たいけど普段の生活周りがよくわからず不安がある方に届くと幸いです。色々聞いて頂きありがとうございました!(さやか)
いつも聴いているNeuroRadioに我々を取り上げて頂きありがとうございます。非常に和気藹々とした雰囲気の中収録したため、後半になるにつれて、アメリカ生活の思いが溢れてしまいました(笑)。さらに飛躍してまた取り上がられるように精進します!!(まさ)
19 Jul 2024 #77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3 01:37:15 定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録)
Show Notes:
Editorial Notes
「白樺リゾ~ト~池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢)
シンポジウム盛会を祈念しております!しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇)
福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)
08 Oct 2021 #26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4 00:27:21 五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど(8/31+9/1収録)。
Shownotes:
Editorial notes:
たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました!(宮脇)
今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上(駒野)さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室(という謎の部屋があった)に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな~。(五十嵐)
これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな?(萩原)
17 Oct 2022 #48 In search of thalamo-cortical computational principles 01:31:37 We sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS) , a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10)
Show Notes:
Editorial Notes:
Really nice conversation though I guess we have some difference as to whether thalamic computational roles are an inevitable network design or just based on evolutionary history (I guess time and research will reveal who's right!) In any case, I really enjoyed talking science with you both! - Ian
I enjoyed the discussion and it was nice to see the connection between Ian's work and others' on the thalamus. It seems the time has finally come to decipher thalamic functions and I hope our new work will change the way we think about how the brain computes information! -Miho
Recent evolutionary expansion in thalamus/LP could be just optimization around local minima. Let’s see how Ian’s work would discard this possibility! For now, we can happily agree to disagree! - Kenta/萩
It was a perfect way to drop our first episode for both domestic and international listeners. Thanks, Ian and Miho! -Tak/脇
26 May 2021 #13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review 01:49:07 扁桃体Intercalted clusters (ITC) の亜核ITCdm/ITCvm (背側核/腹側核)が真逆の機能を持つこと、相互抑制の回路モチーフを持つこと、異なる投射先を協調制御していること等を報告した自身の最近の仕事について、萩原が裏話も交えながら紹介。
Shoe notes:
Pareの仕事↓
オピオイド受容体の発現を利用した毒素によってITCを破壊した仕事
ITCがBLA->CeAのImpulseを制御しているというgating仮説
スライスでExtinctionに相関した可塑性を見つけた天野さんの仕事
奇跡的にITCからvivoで電気記録を行なった仕事
Fear Conditioning (恐怖学習)の用語補足↓
CS: conditioned stimulus. 連合学習前にはneutralであることが求められる。主に音(tone)が使われる。
US: unconditioned stimulus. 学習を必要とせずイヤな(aversive)刺激、例えば電気ショック(foot shock)、苦味、天敵の匂い、など
Extinction、(恐怖)消去。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。オリジナルの連合学習記憶が消えるわけではない。
Relapse: 消去された恐怖記憶が復活してしまうこと。実験パラダイムとしてはspontaneous recovery, reinstatement等いろいろある。この総説(Maren and Holmes) のFig1がよくまとまっている。
PTSD: Post-Traumatic Stress Disorder. USベテランの15%弱、またUS国民の11人に1人が生涯で一度は発症するとされる。
Editorial notes:
論文、発見自体の面白さもそうですが、Extended Data含め、萩原さんのFigへのこだわりや実験の上手さがダダ洩れな感じが非常に良かったです。改めておめです~(宮脇)
気にしないようにしてますが、自分の仕事を語るのはやっぱりちょっと気恥ずかしいですね。そういえば、GRCは学会で見聞きしたことを口外してはならんという誓約書にサインするはずですが、今や誰も守ってないからまあいっか。あはは。 (萩原)
22 Sep 2021 #24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2 02:46:39 UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi )にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました(8/31収録)
Shownotes:
11 Jul 2023 #59 Minds Meet Weeds - Part 1 02:46:54 Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly , @tnobo_ktcs )がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう!(登)
次会えそうな時は感染症に気をつけます! (脇)
そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
26 Nov 2021 #28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1 02:26:41 デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro , 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録 * 初のin-person収録ということで宮脇はお休み)
Shownotes:
Editorial notes:
出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します! (萩原)
対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい!(北沢)
今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw (宮脇)
29 Apr 2024 #74 Letters to the editor 02:18:49 TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)
Show Notes (番組HP ):
雑談パート
おたより紹介パート
Editorial Notets:
優しいおたよりばかりでホッととしました (脇)
健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)
30 Apr 2021 #10 Retrospection of Engrams 02:06:05 ゲスト回を振り返ってEngramについて雑談したり、最近目にした面白い論文をフラッシュトーク的に紹介しあったりしました。(収録:4/24)
Show Notes:
冒頭雑談 ( - 0:26:25)
変異株に対するワクチンの有効性 、論文
プロテアーゼを一緒に打ち込む: この論文 Nature Medicineでした
マシュマロ: 誹謗中傷を自動で除外する匿名コメント機能 (4/29- 受け付けてます!)
エングラム雑談 (0:26:35 - )
新企画:フラッシュ論文紹介 (1:10:05 - 2:00:13)
萩原
宮脇
RABID-seq
ディソる: 細胞をバラバラにする(dissociation)すること
Svobodaのrabiesのcaveatに関するブログ 。
Carsen & Marius, 視覚皮質で大規模イメージング 、集合的活動は正確に見ている縞の角度を判別可能だが行動の結果にはかかわらない。
Lubenovラボ、Kajikawaさんによる論文 。Awake Ripple時、CA3で過分極
Neuropixels 2.0 、電気生理での同一細胞長期記録
Open Ephys : 電気生理関連のハードウェアやソフトウェアをオープンソースで提供
DAC: デジタル-アナログ変換回路 (あるいはData AQuisition)
Editorial Notes:
フラッシュトーク、一瞬で終わった気分だったんですが1時間弱やってたんですね(宮脇)
これは我ながらいい新企画だと思いました。冒頭の雑談が長いので今回からchapter機能をつけてみました、一思いに飛ばしてください (萩原)
06 Apr 2025 #87 Pushing the limits of Drosophila – Part 2 01:20:47 Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録)
Show Notes (番組HP ):
25 May 2022 #37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2 01:13:10 北西卓磨さん(@tkitanishi )ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました(4/27収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
申請書をロジカルにとか偉そうなことを言いながら、話を全然ロジカルにまとめられず。。まだ荒いですが、いろんな研究の方向性を考えています。ラボメンバー募集しています!(北西さん)
後半は研究デザインに関する哲学というか、今までの収録ではなかなか出来なかった抽象的な議論が出来てよかったです。今後はもっとしていきたい。(萩原)
図らずも先進科学機構PI回が続きましたがCOIはありません笑 北西さん、研究室立ち上げのお忙しい時期にありがとうございます!(宮脇)
24 Jan 2022 #32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI 03:10:24 CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん(@TomomiKarigo )にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました(9/5収録)
Shote notes:
Editorial notes:
これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます!ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。
聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたw萩原さん&宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように!北米オフ会とかできたら楽しそう。
Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください!(苅郷)
オフ会いいですね〜!パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑(宮脇)
公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗(萩原)
二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります!(まさ)
乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います!(後悔中)(さやか)
18 Jan 2024 #71 My Favorite Things 2023 02:11:17 新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)
Show Notes (番組HP ):
2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
2023年萩原おすすめYouTube 5選
Editorial Notes:
今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)
2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜 を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
25 Feb 2023 #53 Understanding by creating is all you need 02:50:05 シンガポール、南洋理工大学の牧野さん(@Hiroshi_Makino_ )がゲスト。UCSD交換留学、CSHLでのPhD時代とUCSDでのポスドク時代、シンガポールの研究環境、独立後に行っているAIと脳の表象比較研究について伺いました(2/14収録)
Show Notes
Editorial Notes
収録ではこちらもいろいろ学ぶこともあり、こういう機会を設けていただいた二人にはとても感謝しています。優秀な人達と議論するのは楽しいことだと改めて思いました。拙い日本語の説明で申し訳ありませんが、なんとなくでも自分達が目指している方向性などが共有できたのであれば幸いです。日本の大学や研究所ともっと連携していけたらと思っているので、気軽にメッセージ下さい。大学生や大学院生も大歓迎です。(牧野)
(リスクとって)新しいことをやり続けて行きたいなー、もっと勉強せんとなーと思わされる収録でした。最近はexploitationの比重が高くなってしまっていてよくないっす。
ゴルフ、ちなみにベストはパープレイ(72)で、シングル手前まで行きました。(萩原)
AI研究の主体は大学院生だから…のくだりに励まされました(宮脇)
11 Oct 2021 #27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience 02:39:47 24 Oct 2022 #49 Memento Mori 03:02:23 ゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、1分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録)
Show Notes:
Editorial notes:
CellREADR/RADAR/RADARS、延びる棒、のアイデアがラボ間でどうshareされていったのか(あるいはされていないのか)、ご存知の方はコッソリ教えてください笑(脇)
収録中に論文のタイトルコールしてないの不親切で悪い癖ですね...以後気をつけます。(萩)
30 Jun 2023 #58 Not necessarily necessary 02:02:40 ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)
Show Notes (番組HP ):
論文紹介パート
Editorial Notes:
Dayu Linラボ関係者におかれましてはすんません。内容は全然いいんじゃないでしょうか。読んでないけど。 (萩)
自作ワークステーションに愛着が湧いてクラウドに移行できない (脇)
20 Jul 2022 #40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1 01:43:40 Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄&ラボでの生活、等について伺いました(7/9収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります!(齋藤)
僕もうちのラボの人もCASTやってないですw(宮脇)
久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。(萩原)
27 Mar 2022 #34 Catch-22 in code-switching 02:22:05 アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬4重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録)
Show notes(完全版はこちら ):
フラッシュ論文紹介:
Editorial Notes:
海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。(宮脇)
最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと(萩原)
22 Jun 2022 #39 A biophyisicist-turned-neuroscientist 01:48:53 マックスプランクフロリダの安田涼平さん(@Ryohei_Neuro )をゲストに、1分子イメージングから1スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました(6/5収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
実は当初MPFIのFitzpatrickラボで博士をやる予定でした。いろいろあってvisionのdevelopmentから分野を変えたのは結果的にはよかったのではないかな〜と。安田さんをはじめ、成功してる研究者には楽観的な人が多いような気がしてる今日この頃、辛気臭くない感じで生きていきたいなと思ってます (萩原)
研究所のDirectorという雲の上の存在でありながら、我々のようなポスドクにフランクに接してくださってくださったこと、そしてpoliticalな感じが全然しなくて技術開発・現象探求にフォーカスしてらっしゃる様子が印象的でした(宮脇)
これからを担う若い研究者のお二人とお話できて楽しい時間を過ごしました!ぜひミーティングなどでまたお会いしたいと思いました(安田)
24 Mar 2021 #4 What is cell-type? – Transcriptome meets neurophysiology 01:14:14 28 Sep 2023 #65 Dual-career PIs in St. Louis 03:02:25 Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん(@feynman1104 )と井上清香さん(@s_k_inoue )がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど(9/5 収録)
Show Notes (番組HP ):
ジョブハント編
新ラボ宣伝編
Editorial Notes:
自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか(?)あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌)
NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です!興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清)
ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました!またよろしくお願いします。 (脇)
UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩)
02 Jul 2024 #75 Dreaming of dreams 02:02:28 Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん(@yutasenzai )さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録)
Show Notes (完全版 ):
Editorial Notes:
今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください!(千歳)
日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇)
なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原)
18 Jul 2023 #60 Minds Meet Weeds - Part 2 01:36:24 登達也さん(@nobolly , @tnobo_ktcs )ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
分野の垣根を越えて色々お話できて楽しかったです。ラボ立ち上げメンバーを募集してるので少しでも興味のある方はぜひご連絡ください!韻は踏めなくても大丈夫です。(登)
鎮座ドープネスから草は繋げられましたね…アラビドプシスじゃなくてカ◯ビス(脇)
次回以降の宮脇ラップに乞うご期待だYo (萩)
10 May 2022 #35 Introduction to structural biology for neuroscientists 01:53:15 東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato )をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録)
Show Notes(完全版は番組HP ):
Editorial Notes:
なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です(加藤)
フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原)
思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
22 Sep 2022 #44 Timestamping academic life events onto podcast sequels 02:00:32 帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro ) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど(9/18収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
独立一カ月後編ありがとうございます。ラボのプロジェクトの大半がオフレコになった結果萩原君とほぼだべっているだけになってしまった気が。早く論文を形にして語りたいですね!(北沢)
たまにはこのくらいゆるい回があるといいですね。編集等も楽だし笑 しかしIEG論文をさっさとなんとかしないとなー (萩)
こんな濃厚な音声版blog?もなかなかないですね。。ちなみに今回もShownotesのほとんどを北沢さんが準備してくれました~ありがとうございます! (脇)
15 Sep 2021 #23 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 1 02:22:56 UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi )にお越しいただき、学部・大学院時代のお話、特に『失敗談』– あるいは地獄の釜の底 – について伺いました(8/31収録)
Shownotes:
Editorial notes
自分も大学院時代ドツボにハマってpublication recordにブランクがあるので非常に勇気がもらえました。なんとか成功例を追加したい笑(宮脇)
長時間の独演会みたいになってしまいましたが、僕が上の世代から伝えてもらったことを記録に残しておいて、次の世代の人たちの何らかの糧になればと思いお話しました。若い方々がなにかを感じ取っていただけたらそれで十分嬉しいです。
自分自身の人生の折り返し地点を過ぎ、次の世代の育成に本腰を入れて取り組みたいと思っています。活躍していく次世代の研究者を輩出するということでも、いつかモーザーラボを越えないとですね。一緒に切磋琢磨したい方、ぜひ声をかけてください。(五十嵐)
ボスの劣化コピーにならない様にというのはよく言われますが、師を「超える」というのは考えたことなかったので気合い入りました。(萩原)
01 Nov 2024 #81 Through the Wire 02:58:05 研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録)
Show Notes (番組HP ):
論文パート
Editorial Notes:
15 Apr 2023 #55 And Your Mouse Can Sing 03:18:19 NYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_ ) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から2年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
憧れのお二人とお話できるとのことで舞い上がってペラペラと話してしまいました。この数ヶ月間すごい研究者たちと沢山会って自分もすごくなった気がして調子乗ってましたが、夏からはペーペーの1年生ですので、気を改めてエンジョイしつつがんばりたいと思います。NYCに遊びに来られる際はお声がけください。(僕が最初に読んだLeDoux先生の本はAnxiousでした。パニック発作持ちだったので。)(藤島)
そういえば、九大医3年生の時に当時神経解剖学教室・小坂研にいた福田孝一先生(現・熊大医)からLeDouxのSynpticSelfを借りパクしたのがAmygdala-fear systemとの出会いでした。去年(10年以上経ってから)お詫びのメールを送ったら「そのまま持ってていいよ」とのことだったので、この場を借りて感謝です。「まずはカンデル本通読して・ニューロルシダで形態トレース、話はそれから」とか言われたのでその後解剖に寄り付かなくなって生理に行ったわけですが...。(萩原)
これ学部時代に聴いてたら米国RAに飛び出していたかもな~と思いました(脇)
13 Aug 2021 #21 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 2 01:27:37 Part 1に引き続き、DANDRITE&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld )にお越しいただき、欧州のスタートアップグラント事情、ポスドク時代に欧州からのジョブハントで苦労したこと、今回Neuronにアクセプトされた双極細胞の軸索末端におけるsubcellular computation論文 の内容紹介,、遺伝研でのこれからの研究の方向性について伺いました(7/10収録)
Shownotes:
Editorial Notes:
オーフスのラボからの仕事がNeuronに出たタイミングに公開を合わせて頂き、ありがとうございました! また、10月からスタートする遺伝研のラボを紹介する機会も頂き、感謝しています。20代のリスナーがとりわけ多いとのことで、宣伝効果は抜群だと思います。NeuroRadioの繁栄とお二人のサイエンスのますますの発展を祈念いたします! 三島のうなぎも是非食べに来て下さい。(米原)
米原先生お時間を作ってくださりありがとうございました!自分が学部生の頃は遺伝研で大学院生として研究するという選択肢があることすら知りませんでしたね~あの頃の自分に今回のエピソードを聴かせてみたい笑(宮脇)
自分が中学生の時に何を考えていたかなあと思い返してみると、まだFF7-9をやっている時期だったため、適当な木の棒を振り回しては「将来はソルジャーになる」と言っていたように思います。(萩原)
19 Oct 2024 #80 Beyond a predictive machine 02:11:57 古館さん(@ShoheiFurutachi ) in-person収録@Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古)
dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩)
超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)
28 Apr 2021 #9 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 2 01:24:15 奥山輝大さん(@Teru_Okuyama )ゲスト回後編。メダカ論文の裏話、利根川進先生と一緒に研究をすること、LOF/GOF一辺倒の研究に対して思うこと、などをお話しいただきました。
Show Notes:
Editorial Notes:
前編・後編のまさかの大ストーリーになりましたが、後編も聞き直していて楽しかったです。後編では、自分のこれまでの研究者人生を振り返る時間が多かったですが、こうして思い返すと、成功体験よりも失敗体験から学んでいる事が多いですね。関係ないですが、僕はたぶん「無問題」の映画は見たことないです。(奥山)
実は4時間にわたる収録だった今回!収録は勿論、確認作業にもお時間を割いて頂いた奥山先生、そして丁寧なmixをして頂いた萩原さんに改めて感謝感謝です。(宮脇)
数年後にディレクターズカット出せたらいいな〜。(萩原)
08 Mar 2021 #1 Reading journals similarly to weekly comics 00:18:48 ポッドキャスト紹介回として、主にポッドキャストを始めた動機に関して2人で話しました。今後予定しているコンテンツ、等
Show notes:
etwas luminous Fluxus...萩原のやっているバンド。ちょうスローペースで活動中。
Editorial notes:
硬さはそのうち取れていく、はず…。はず…。宮脇
100回くらいやってれば慣れそう(遠い目)。ちなみにジングルは素材をShinji Kuriyama(from etwas luminous Fluxus)に提供してもらって作りました。 萩原
24 May 2021 #12 Retrospection on Retroinfection 00:29:45 前回の補足も兼ねて、Pseudo-typed Rabies Virusの原理と、その開発の歴史、今後の展望について萩原がサクッと解説。(5/22収録)
Show notes:
G-deleted rabies virus の開発・応用の第一人者であるEd CallawayとLiqun Luoによるレビュー論文 。今回の企画は主にこの総説に沿って話しています。
ミルウォーキープロトコル(wiki ) 。n=1と言ってますが、その後改良版が試され、これまで6人助かってるようです(n~50)。獣医学会のコラムが興味深い:狂犬病を発病した患者の最初の回復例
小坂田さん...Callaway研でRabiesのvariant作成論文 を書かれて、世界中でリソースが使われて共同研究をされている。現・名古屋大。
AnteroにトブHSVを使ったAndermannの仕事 。Hypothal->PVT->BLA->Insular経路の証明。HSV(H129ΔTK)自体はDJAが開発 。
最初のG-deleted Rabies開発論文。Wickersham/Callaway. 2007a 2007b
プレの中の一部の細胞種を標識する技術の開発論文 。MPIフロリダ・谷口研。
宮道先生:LiqunラボにてAAVを用いたTVA・Gタンパク発現によるスターター細胞の限局 、およびTVAの点変異によるその改良 などを行った、pseudo-typed rabies virusによるサーキットトレーシングのパイオニア。帰国後もpseudo typed rabiesを用いた仕事 を展開。
SADの細胞毒性に対応するために最恐CVS株を使った コロンビア大の仕事。低毒性に加えてCVSのGタンパクはシナプス間のトビがよさそうという利点も。
Callawayによる初期の総説 。
細胞毒性を減らすためにLタンパクも欠損させたSAD株。 MIT・Wickershamラボ。Lはpolymeraseをコードしており、おそらくreplicationがほぼ0になることがtoxicity低下に効いていると考えられるが、そのため発現量が低く、基本的にはrecombinaseの発現向け。またLは長く(~6k)、AAVに乗らない。
Self inactivation(SiR)によって毒性回避する ストラテジー。PESTをつけることで、細胞のタンパク分解作用を利用してvirusを分解させる。Tripodiラボ。
WickershamによるSiRへの疑義プレプリント 。
上記プレプリントに対するTripodiラボからの更なる反論プレプリント 。その後どうなったんだろう。
Editorial notes:
"生綿"で首を絞める...とは...? (萩原)
SiR, TDEのラッパーを連想します (宮脇)
30 Nov 2023 #69 PhD programme at the Centre 02:16:38 University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda )、中野誠大さん(@_mnakano )がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
LUCY観た人いたら連絡してください笑(中野)
Georg推し人間みたいな感じになってしまいました(黒田)
2人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです(脇)
新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました(萩)
21 Oct 2023 #67 You've come a long way 02:42:33 Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)
Show Notes (番組HP ):
論文紹介パート
Editorial Notes:
風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね(脇)
爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
10 Aug 2021 #19 Tangled Up in the Brain/Reality 02:15:47 それぞれの近況、作品と作り手の分離、Caイメージングとコネクトームの対応データとそのビューワー、迷路を走るマウス、Self-inactivating Rabiesをめぐるゴタゴタ等について話しました。
Shownotes:
Editorial Notes:
GNNのいい教材ご存知の方がいたらコッソリ教えて頂けると嬉しいです…(宮脇)
最近Mood Valiantというアルバムがよくてひたすら聴いているのですが、新コロのせいでずっとMood Variantだと思っていました。(萩原)
14 Jul 2024 #76 Getting Out of the Comfort Zone 03:10:40 UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi )再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細はNeuro2024のセッション にて)、R01グラント審査の実際&それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください!Carpe Diem!! (五十嵐)
非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました!(脇)
カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩)
09 Sep 2023 #63 Beyond predictions - Part 2 02:35:56 古館昌平さん(@ShoheiFurutachi , e-mail ) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP+LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など(9/2 収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial notes:
NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古)
予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇)
しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩)
07 Jan 2025 #84 Synthetic developmental biology 03:29:09 University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki )がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録)
Show Notes (番組HP ):
発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎)
“早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩)
ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)
11 Jun 2021 #14 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 1 01:16:48 日本神経科学会の奨励賞を夫妻でそれぞれ受賞した井上昌俊さん(まささん)@feynman1104 ・井上清香さん(さやかさん)@s_k_inoue をゲストに、お二人の論文の裏話、スタンフォード大学で神経科学を研究する醍醐味などについて伺いました。後半に続きます。(5/28収録)
Show notes:
奨励賞 リンク
Axon Remodelingのお仕事: メスの視床下部腹内側部のプロゲステロン受容体陽性細胞(Progesterone receptor expressing neurons in the ventrolateral portion of the ventromedial hypothalamus: Pvlニューロン)の前腹側室周囲核(Anteroventral periventricular nucleus: AVPV)への投射量が性周期(依存的な性ホルモンの分泌)によって変化することを見出した仕事。AVPVに繋がっている時にPvlが活動することがオスの受け入れに重要。プレシナプス・軸索の大規模な構造的変化が大人で周期的に起こる可能性を示唆。
R-CaMP2 :高感度かつ高速度、そしてHill係数が1に近い(Ca濃度と蛍光変化が比例する)赤色遺伝学的Ca2+インジケーターを作成した仕事。従来のインジケーターでは、Ca存在下でMLCK (Myosin light-chain kinase)のM13配列とカルモジュリンが結合することを利用しているが、このインジケーターではM13の代わりにCaMKKのペプチド配列ckkap(を改変したもの)を利用している。
XCaMPs :ckkapをベースとした配列を用いて、R-CaMP2と類似した強みを持つ、青、緑、黄色、赤色のインジケーターを開発したお仕事。更に、これらを開発したからこそ取れるシグナルの応用例をvivoで数多く示している。
尾藤研 :神経回路・シナプスの形成原理にイメージングやアンケージング、新規手法開発などによって迫る研究室
Deisseroth lab(D-lab) :オプトジェネティクスの開発や組織透明化をはじめ、様々なツールとその王道的な応用例を世に送り出し続ける研究室
森憲作先生: 匂い情報を処理する嗅球、嗅皮質、その他情動に関する脳領域を分子生物学的な手法や電気生理学的手法を用いて研究。既に退官
Nirao Shah lab :脳の性的二型や、オス・メスの社会的行動の遺伝学的、経験依存的な制御機構の解明。2016年にUCSFからStanfordに異動。
Zach Knightラボ :摂食・摂水行動、体温調節など、体のホメオスタシスが脳によってどのように制御されるかを研究しているラボ。活動したニューロンのmRNAを捉える技術開発(Ribo-tag , Soma-tag )などでも有名。
Axon Remodeling先行研究:例えばSvobodaラボ やKomiyamaラボ のvivoイメージング論文
Dendritic spine先行研究:Woolly らが海馬で、Matsumoto and Arai が視床下部弓状核で、性周期に伴いdendritic spineが増減することをHistologyを用いて示した論文など
KimchiとOferの論文 : AVPVのTHポジティブ細胞がメス、かつ母親マウスにおいて増えており、養育行動に重要であることを示した
2018年 AVPVのkiss peptin論文
GENIE :ツール開発のためにめちゃくちゃタンパク質をエンジニアリングするジャネリアのプロジェクト
GCaMP6の論文
·喜多村先生 :HäusserラボでShadow patch を開発したin vivo 2p targeted パッチのパイオニア
Joint Program: 2つのラボに所属してそれぞれのPIの指導の元で研究を行うこと
Peter Hegemann :チャネロドを見つけた人(1 、2 )
Gero Miesenböck:ハエでoptical control of neuronal activity をやった人。P2X2/ TRPV1を使用
Editorial notes:
"さやかさん"と呼ぶと思わず笑ってしまうのは、魔法少女ですか?となってしまうから。ソウルジェムがにごって魔女化しないことを切に願っております (萩原)
収録中にルンバが動き出してとても焦りました(宮脇)
とても楽しかったです!緊張のせいか(?)、自分の日本語が不自由すぎてびっくりしました。お二人とも質問上手、聞き上手で楽しく話させて頂きました。ありがとうございました!!(さやか)
夫婦でインタビューを受けるというのは人生初イベントでした。お二人の力によりインタビュイーでしたが、普段聞けないことが聞けて良かったです。(まさ)
24 May 2023 #57 Voltage imaging: a “holy grail” of neuroscience 04:11:58 Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速2光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)
Show Notes (完全版 ):
GEVIパート
黎明期のプローブ
ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくい という問題があり、使いづらかった。
GEVI開発で気を付ける点は以下(St-Pierreによるレビュー を参照)
細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない
膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い
上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い
脱分極に対して蛍光が増えるか減るか
二光子励起ができるか
2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ(VSP) の電位感受ドメイン(VSD)は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この2つの電位センシングモチーフが主に使われている。
1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列
1-1: VSDの末端に2つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ
ただしkinetics遅め
1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ(特にpHluorine改変体)
VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。
1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ
予備知識:
2. ロドプシン系列
予備知識:
ロドプシンのPhotocycle(神取先生レビュー ):ground state→L→M1→M2→N→O
電位依存的に光る仕組み :Nの時に540 nmの光を受けるとQというstateに代わって、Qの時に570 nmの光を受けると強い蛍光を発する。
DTDモチーフ:シッフ塩基からプロトンを受け取る細胞外側のD(ArchだとD95、Ace2だとD81)や、脱プロトン化されたシッフ塩基に細胞内側からプロトンを渡すD(ArchだとD106、Ace2だとD92)を含むモチーフ。
2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る
ただしロドプシン系は二光子では使えない。
2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET
ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み(1/50~1/100程度)、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い(ASAP系よりも速い)。
おまけ:
顕微鏡パート
Jerry ChenのCRACK 。とそれを読んだNR回 。Elly Nedivi , Peter So との共著の仕事 。抑制性シナプスのクラスタリングを見たもの。
広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing 単純な仕組みとはいえ、<10nsの時間解像度でシグナルを処理するFPGAの設計は結構トリッキーらしい(Kaspar 談)。 2x
4x
Spatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆け GFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。
Denoisingパート
Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCAD を例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。 元になったアーキテクチャ・フレームワークRonneberger らによるU-Net と3D-U-Net U-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2Void
Editorial Notes:
タンパク質構造予測でドッキングシミュレーションとかまでできるようになってきたみたいですが、構造のデータに基づいて、rationalに、センサーのリンカーはどのくらいの長さでどの配列が良いのか、とか、どこにどういう変異を入れるとどういう性能が上がるか…みたいなのは予測できたりするんでしょうか。Lin Tianの は配列データだけで構造の情報はあんまり使えて無さそうだし。それはさておきQuasAr4,5をご存知の方はこっそり教えてください笑(脇)
VoltronシリーズのEricがオプシンベースのやつも2p励起で動くとか最近のオプティカ で言ってたらしい。タイトルはBando, Yusteのreview、"...in a way a “holy grail” of neuroscience, could be carried out by imaging membrane potential."より。 (萩)
21 Apr 2021 #8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1 01:03:06 東大定量研の奥山輝大さん(@Teru_Okuyama )をゲストに迎え、大学院時代、ポスドク時代、キャリア選択の際に考えていたこと、新PIとしての3年間についてお話しいただきました。後編(Part2)に続きます。
Show Notes:
Editorial Notes:
その後調べてみたら2013SfN@SDでした。奥山&稲垣という1つ上の世代のトップ層(その後のTonegawa研とSvoboda研での活躍はいうまでもない)から受けた刺激と、ポスターを観にきてくれたMargaret Livingstoneが「説明はいらんから黙ってろ!」と怒り出し、無言で15分ほど熟読したのちそのまま立ち去ったというエピソードが初SfNの思ひで2トップ。(萩原)
塾の授業前にペンギンが海中から氷の上に次々乗っかっていく動画を見せてもらったような思い出があります。授業内容との関係は…たぶんあったと思います (宮脇)
飲み友達と居酒屋でビール片手に話してるみたいな内容のトークになってしまいましたが、やってる本人としては非常に楽しかったです。またこのような飲み会がSfnや日本神経科学学会の夜にできることを祈りつつ!(ラジオ聞いてる時から思っていましたが、萩原氏の声はRadwinpsの野田洋次郎に似ていると思うのです)(奥山)
02 Dec 2022 #50 Gestalt principles 02:20:59 久々のSfN参加、初Thanksgiving、Twitterからの移行に関する雑談。論文紹介は、カリウム選択的チャネルロドプシンの構造、魚の脳発達は氏か育ちか、プルダウンアッセイと機械学習によるAAVの指向進化、など (11/26収録)
Show Notes:
フラッシュ論文
Editorial Notes:
バラバシって今の大学院生にも人気なんでしょうか(脇)
ExtinctionのF1(2)の仕事、メインコラボレータの仕事なのに完全に失念してた...(萩)
02 Sep 2023 #61 August Green 01:55:15 一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム?、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)
Show Notes (番組HP ):
論文紹介パート
Editorial Notes:
PETによるイメージング、学部で習ってたっぽいですね。N先生すみません! (脇)
日本の夏は白桃が最高でした。体重はもう戻りました。(萩)
14 Oct 2023 #66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2 02:58:57 定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro ) のデンマーク・DANDRITE生活1年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP ):
ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
Editorial Notes:
文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね!(北沢)
BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…?Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体2種類を使ってるのも若干気になります (脇)
北沢娘から2人称「あなた!」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談 。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
20 Feb 2024 #72 Collaborative professionalism in neuroscience 02:42:18 北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)
Show Notes (完全版 ):
Editorial Notes
この度は貴重な機会を頂き、有難うございました!過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)
自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)
生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
16 Jul 2021 #18 Fine viral description – tracing the career of Dr. Kazunari Miyamichi 02:31:37 理研BDRの宮道和成さん(@K_Miyamichi )にお越しいただき、キャリア選択時に考えていたこと、現在の研究の魅力、新機軸の打ち出し方、子育てに伴う研究スタイルのシフト、等をお話しいただきました(7/3収録)
Shownotes:
Editorial notes:
10年近く前の初エンカウンター、いまだに細部を覚えていて自分でも驚きました。宮道さんや小坂田さん(Callaway研)がバリバリ第一線で戦っている姿をあのタイミングで直接観ることができたのは、キャリアの選択の意思決定に強烈に影響したと思います。なお”テキサスを除くメリケン中部”にはあまり住みたくない...というニュアンスであって、オクラホマ大学関係者には謹んでお詫び申し上げます汗 (萩原)
実は宮道先生には学振PD落ちた時(笑)やら留学前やら、色々とキャリアの重要な時期に相談に乗っていただいてます。今回もアドバイスを頂けて非常に勇気づけられました。良い研究をして恩返しできれば!(脇)
いろいろとお話しを聞いていただけたので調子に乗って喋りまくってしまいすみません! またラボから論文が出るタイミングで筆頭著者の人たちにスポットライトを当てていただけると幸いです。子育て期の研究両立についてはゲスト増やして座談会とか楽しそうですね。今後もNeuroradioますますのご発展を!(宮道)
08 Aug 2022 #43 Splendid isolation 02:34:20 伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索@線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×2、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション(7/16収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
Sodium とナトリウム、Potassiumとカリウムが混ざりました(宮脇)
エスプレッソマシン、むかし友人を説得して業務用の中ではお手頃なシモネリのオスカーを買わせて一緒に遊んだりしてたのですが、洗浄が面倒すぎて一瞬で売り飛ばしていました笑
ところでロブスターを実験動物に使うと食べ放題だろうか。(萩原)
03 Dec 2021 #29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2 01:32:05 Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro )にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました(11/4収録)
Shownotes:
Editorial notes:
うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク2本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原)
休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢)
スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした(1リスナー並感)。in-person収録やってみたいですね〜 (宮脇)
28 Jun 2021 #16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato 02:02:00 理研風間研・研エンの仲 ポッドキャスターの加藤郁佳さん(@kayautoka )をゲストに、これまでのキャリア、モデル動物選択、これからポスドク先を選ぶにあたっての悩みなどを共有して頂きました。(6/6収録)
Show notes:
Editorial notes:
あー、最後に「さようなら〜」って言って締めようと思ってたのに完全に忘れてた! (萩原)
ハエ脳コネクトームデータじっくり見てみましたが、マウスと違った綺麗さがあって、いいですね…。収録楽しかったです。節目節目でまたやれればうれしいです!(宮脇)
雑談ばかりしてた気がしますが、ノートを見たらサイエンスの話もしてた風でホッとしました笑。風間研での仕事はUnpublishedで話せなかったので、代わりに強化学習の研究の話とかもっとしてもよかったですね。何はともあれ楽しかったです!ぜひ研エンにもゲスト出演お待ちしてます(加藤)
13 May 2023 #56 Formerly a battle-field postdoc 02:25:34 理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ@ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
久々にお話できて楽しかったです!飛行機が着陸する際に皆で拍手をする謎の風習など、意味不明なイスラエルの風習や事件簿をもっと紹介したかったのですが、あっと言う間に収録が終わってしまいました(笑)。次回また呼んでもらえるよう頑張ります!(田坂)
イスラエル、食事が美味しいというのは本当で、連れていってもらったYehuda市場の雑然とした飯屋 と、テルアビブのMiznon(いまや国外進出してるらしい)のカリフラワーとピタを食べに再訪したい。(萩原)
エピソードが面白すぎて収録中笑い堪えるのに苦労しました笑 イスラエル絶対に一度は行ってみたいですが、やはり単身で乗り込むのは勇気がいる印象。。。学会で行ける機会を伺います(宮脇)
15 Sep 2024 #79 The Wizard of Fz 03:17:37 Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年1月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録)
Show Notes (番組HP ):
論文パート
ジョブハントパート
独立後の計画
Editorial Notes:
夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族(TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007)(齋藤)
理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原)
Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非! (宮脇)
22 Sep 2021 #25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3 02:57:06 五十嵐さん(@kei_m_igarashi )回その3。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました(9/1収録)
Shownotes:
Editorial notes
M1の時海馬とドパミンについて研究していたはずなのですがLECとの関連は考えてもみませんでした。こんなに面白いことをやっているとは。。(宮脇)
オクラホマdisをわざわざ蒸し返してきたのが謎ですが、海のない土地の例というだけです!!!ちな僕もこの前の論文の続報はドパミンネタだったりします。All roads lead to DA.(萩原)
オクラホマをばかにしちゃいけません!どんな地方大でもコツコツやれば、自分の研究分野が確立できるのがアメリカのいいところだと思います。
UCIを軽くディスりましたが、なんと今年の公立大学ランキングでUCIは全米9位に入った らしく、職員が大騒ぎしてます。ホントかよって感じでびっくりですけど。
最近伸びてるってことですかねー。
既に海外に出てしまった萩原さん、宮脇さんには不発だったかもですが、日本の若いリスナーさんにとって「研究者になるなら、将来日本で暮らそうと思わない方がいい」が第三作として十分な破壊力を持つことを願いつつ…。(五十嵐)
07 Oct 2022 #46 The Fos expression we saw that day 02:37:06 ゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi )、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira )、田中和正さん(@Kazu_ZT )、柳下祥さん(@sho_yagishita ) とディスカッションをしました。(9/22 収録)
Show Notes(完全版 ):
Editorial Notes:
JCでこんなに論文ほじくり返したのは久しぶりです!マニアックなディスカッションもあって、とっても濃い2時間でした。またぜひ呼んでください!次は辛口ゲストを集めてNR主催のお二人の論文とかどうですかね?(笑)(田中)
濃くて楽しいJCでした!それぞれのラボのスタイルが垣間見えるのも面白いですね。(北西)
海馬やfosを専門にやっている方々と議論できてよかったです。ぜひ定期的にやって欲しいです。今回のような分野横断的で新しい方向性の論文だと特に盛り上がりそうです。他の方々の議論を聞くのも面白そう(柳下)
普段あまり接することのない、分子と神経活動の関係を扱う論文について議論する機会をいただき、とても勉強になりました。図表のフェアな作成法や因果性の解釈についても、様々なご意見を伺うことができて充実したJCでした。(吉良)
音声での論文紹介をはじめた当初から、正直どのくらい伝わるんだろうか...と思いながらやってますが、最近では自分達が楽しめてその雰囲気が伝われば、ドメイン知識自体は別にどうでもいいかなと開き直っています。メンバーを変えつつ定期的にやれると楽しそうです(萩原)
これだけ大人数のディスカッションなのに議論が発散しなかったことも印象的でした。皆さんお忙しい中ご都合つけてくださりありがとうございました! (宮脇)
08 Sep 2021 #22 Artificial/Artifactual neural manipulations 01:06:28 印象に残っている歴史上の研究者、総説のライティング、オプトジェネティクスのアーティファクトを取り扱った論文等について話しました (9/5収録)
Shownotes:
Editorial notes:
偉人で無く故人というべきでした笑(宮脇)
結局optはあんまり使わない大学院生活でした。(萩原)
19 Dec 2023 #70 Transmission 02:52:22 有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP ):
雑談パート
論文紹介パート
Editorial Notes:
マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)
昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
08 Mar 2021 #3 Covid19 dominates everything 00:27:52 パンデミックの影響に関して雑談。ヨーロッパでロックダウンの影響をもろに受けた萩原と、パンデミック下にオンラインポスドクインタビュー・ボストン留学開始を経験した宮脇がそれぞれ雑感を話しています。
Show notes:
Editorial notes:
早くワクチンが行き届いて、少しでも早く以前の日常に近い日々が戻るといいのですが。ちなみにinterviewをしたのは2019年ではなく、2020年1月の間違い...。 萩原
リポフェクションやアデノウイルスの打ち込み、される側になるとは思ってもみませんでした。宮脇
03 Sep 2024 #78 It's all mental 01:58:57 神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録)
Show Notes (番組HP ):
文献紹介パート:
Editorial Notes:
朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原)
掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)
22 Nov 2024 #82 The Art of Communicating 02:24:22 鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show )がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録)
Show Notes (番組HP ):
30 Mar 2021 #5 Mapping the spatial transcriptomics 00:57:39 10000種類以上のmRNAをsubcellular resolutionで解析できそうなSpatial transcriptomicsの手法について、5つの原理に分けて簡単にレビュー。
Show Notes:
1. RNAのcDNAを環状にして増幅、SOLiDでin situ sequencing
2. Padlock ProbeでmRNAとDNAバーコードを対応付けてin situ sequencing
3. 最初にhybridizeするプローブにバーコードの組み合わせを持たせ、更にバーコードに対するhybridizationを複数回行う
4. 座標ごとにバーコードをつけたスライドガラスに組織を貼り付ける
5. mRNA同士の近さをDNAで記録し、距離行列を次元削減
その他
EASI-FISH..,見られるmRNAの数に限りはあるが、300 um厚の切片に適用可能。
Editorial Notes:
一般にSpatial Transcriptomicsというと、マイクロダイセクションをベースとしたものや、scRNAseqのデータから座標をcomputationalに推定する、という方法も含みます。今回は1細胞解像度を担保できなさそう、ってことで割愛(宮脇)
当初このネタでポッドキャストをキックオフしようかと思っていましたが、直前にresearchatパイセンの#54を発見し、あまりにもコンセプトが被っていてかつわかりやすかったので、神経科学への応用に寄せて寄せて無事お披露目となりました汗(萩原)
17 May 2022 #36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1 02:04:29 今年3月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi ) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD~スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く(4/27収録)
Show Notes(完全版 ):
Editorial notes:
ヘッドセットのノイズキャンセリングのせいか、ところどころ音が妙に小さくなってしまいました。すみません。。ただ、お二人にのせられて (?)、いっぱい喋りました。とても楽しい時間でした。ありがとうございました!(北西さん)
この収録直後にNeuropixelsデビューしました。とりあえず3本同時記録。実験自体は128chでやってた時とそんな変わらんな〜という感じ。
話の中でもありましたが in vivo自由行動下の電気生理記録ができる国内ラボが本当に増えてきましたね~(宮脇)
25 Jan 2023 #52 My Favorite Things 02:24:04 新年のんびり雑談回。一時帰国の時に行きたい店、アメリカ来てから買ってよかったもの紹介、グリーンカード申請の様子、タックスリターンの混乱など。(1/20収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
アフィリエイトとかやっちゃうと収入発生しちゃってTRがより面倒になるんでは...というのが懸念。。。アルコール(特にワイン)はスイス時代に比べると全然飲まなくなったのですが、OR・WAのピノ探索はいずれしたいなと思ってます 萩
海外生活便利アイテムある方ぜひ教えてください! 脇
21 May 2021 #11 Sequencing the Connectome 02:01:51 シーケンシングによって(神経)細胞の繋がり方・投射様式を調べる方法について。Zadorラボから報告されているMAPseq等の手法を一通りおさらいした後、Quintanaラボから報告されたRABID-seq論文を紹介。(収録:5/15)
Show notes:
Editorial notes:
大きいFigは迫力がありますがレジェンドの可読性が低いのが難点ですね(宮脇)
この収録後、来年はもう出せないことがわかり、半日でHFSP書きました。。。ちなみに「マスクをしろというのは、日本人にとっては家の中で靴履けっていわれるのと似てる」というついーとをみてなるほどーと思ったり。夏がダメだったり、セロリが好きだったりするようなものか。(萩原)
22 Nov 2023 #68 Foraging under the Sun 01:44:51 UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori , gmail ) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など(11/10 収録)
Show Notes (番組HP )
Editorial Notes:
また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください!(服部)
手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)
僕は爬虫類やや苦手です(萩)
21 Dec 2024 #83 Emo 02:38:50 ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録)
Show Notes (番組HP ):
論文紹介パート
Editorial Notes:
ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原)
このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)
17 Jan 2023 #51 A precise tagging of active neurons 02:56:24 Hyungbae Kwonラボの長濱健一郎さん(@k_hammer_1001 )ゲスト回。初期研修から基礎研究に進んだ経緯、狩野研でのスライスパッチャー生活、Hyungbae Kwonラボの現在の方向性、最近のST Cal-Light論文(光受容とCa2+活動による細胞の遺伝学的ラベリング手法のアップデート版)について伺いました。
Show Notes:
Editorial Notes:
いちリスナーの自分がまさかゲスト出演することになるとは思っていませんでした。お二人との議論とっても楽しかったです!色々とbackgroundの前置きが長くなってしまいましたが、これから海外でポスドクしようとしている大学院生やポスドクの方に、こんな人もいるんだなぁ、と思って頂けるといいなと思います。またメインプロジェクトの論文出たら、ぜひ呼んでください!(長濱)
最初期遺伝子では神経活動を捉えられない、という見方と、遺伝子発現変化に繋がらない神経活動はエングラムではない、という立場があるのかな…何がノイズで何がシグナルなのか、とかの検証が色々できそう(宮脇)
出だしの導入で記録と操作が...とか言って始めていますが、「おい、(形態)観察は?」というツッコミが解剖寄りの人から来るのは想定済みです汗 (萩原)
08 Mar 2021 #2 The grid cells are a torus 00:51:40 論文紹介#1。"グリッド細胞の集合的な活動がドーナツ型になる" ことを示したプレプリントについて話しています。
Show notes
Editorial notes
いきなりややマニアックな内容でしたが、圧倒的な論文で楽しかったです。宮脇さんがかなりちゃんと準備してきてくれたので今後の論文紹介回のハードルが...僕はここから徐々に下げていきます。ジェンダーニュートラルな表現を心がけてはいるのですが、「元妻」という響きはなんとなくエグいので「元奥さん」と言っていますが特に他意はないです。 萩原
マサチューセッツ州のドーナツ市場はダンキンドーナツ一強です。フレンチクルーラーやポンデリングも食べたいです。宮脇
02 Apr 2025 #86 Pushing the limits of Drosophila – Part 1 02:26:36 Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)
Show Notes (番組HP ):
09 Sep 2023 #62 Beyond predictions - Part 1 01:45:01 Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi , e-mail ) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI(TomとSonja)のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました(9/2 収録)
Show Notes (番組HP ):
Editorial Notes:
ライミングを含め色々猛省します! (古)
合同セミナーでの「発表前に靭帯切れてG先生ブチ切れ」というイントロを謎に覚えています(脇)
一度は住んでみたい土地: ロンドン・京都 (萩)
03 Oct 2022 #45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained 03:21:09 認知症研究者の佐野俊春さん(@tsano321 )に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました(9/3収録)
Show Notes (完全版 ):
Editorial Notes:
治験が失敗続きなのにいまだにアミロイドβ仮説が信じられている理由、アミロイドβ仮説の背景、アルツハイマー病の研究対象としての面白さなどを伝えられたら嬉しいです。 と思っていましたが、まさか収録後にレカネマブの主要評価項目達成という大事件が起きたのは予想外でした。このニュースでアミロイドβ仮説に対する世間の風向きも変わったかも?(佐野)
「僕は病気に関しては無知なので」と口走ってしまっていますが、当然進行を考えた上でのポーズです(ので「お前MD持ちだろ」とかつっこまないように!)。(萩)
一口にアミロイドβ仮説と言っても色々なものがあるということ、それに至るまでの歴史や登場人物が学べて非常に面白かったです。佐野さんありがとうございます!(脇)
10 Oct 2022 #47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers 02:47:29 理研CBSの中島美保さん(@mihonakajima )がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
今回は貴重な機会を頂きありがとうございました!本当に長々と申し訳ないです。お二人とも話が非常に明快で一瞬で重要なポイントをついてくるので、勉強になりました。これからの更なるご活躍が楽しみです!私は日本語も英語も結構間違えてて反省!(汗)エレベーターピッチの練習しないと。これからも人間の行動に迫っていきたい思うので乞うご期待!(中島)
ブザキとかは心理学で先に定義された用語に神経活動を後から対応付けることに否定的な主張をしていますが(それも一理あるとは思いますが)、今回の話を聞いて、やっぱ行動心理学をちゃんと勉強した方が色々とやりようがありそうだよな~、と思いました(脇)
常々、研究者として一番大事な能力の一つはresilienceだと思っていますが、度々苦境に立たされつつも、その度にいい仕事をいい論文に仕上げてくるスタイルに大変刺激を受けます!(萩)
13 Aug 2021 #20 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 1 01:38:01 デンマーク、オーフス大学DANDRITE研究所&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld )にお越しいただき、これまでのキャリアと、海外と日本でJunior PIをやることの比較、Junior PIとして地位を確立する際に苦労したこと、等をお話しいただきました(7/10収録)
Shownotes:
Editorial Notes:
萩原さんと初めてお会いしたのは彼が2014年にFMIのインタビューでバーゼルにいらした時です。すごい人が来たと思い、Botondに絶対獲得した方が良いと進言したのを覚えています。逃したのはBotond的に残念だったはずですが、その後のLuethiラボでの期待通りのご活躍もさすがです。収録では”そうですね”ばかり言っていて恥ずかしい限りですが、萩原さんと宮脇さんの安定したナビケーション、的をついた質問が素晴らしく、おかげさまでかなりの情報量が引き出されたと思います。お二人の話を伺う余裕もなく、自分の事ばかり話してしまったのも少し反省してます。企画・編集にはお二人の大きな労力が伴っていると思いますので、頭が下がります。(米原)
米原さんが薬学部でトークされた時、独立して数年なのにこんなにデータが出るのか…とビビっておりました。今回どんな事を考えながらやってらっしゃったのかを知れて秘訣を垣間見た気がしますが、凄過ぎて未だに理解ができないです笑(そしてマイクのソースを間違えるという痛恨のミス!米原さんすみません&萩原さん音声編集ありがとうございます…。)(宮脇)
Botondが僕のinterview期間中、ラボメンバーに対し「BaselのSushiのレベルが低いのは絶対に言うな!」と口止めをかけたとかかけなかったとか。(萩原)
24 Dec 2021 #30 Being a technologist at 10x 01:59:32 初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown )にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました(11/22 収録)
Shownotes:
Editorial Notes:
Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな~と腹落ちした回でした (宮脇)
録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木)
自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原)
13 Jan 2025 #85 Prediction models 01:37:44 新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録)
Show Notes (番組HP ):
抱負
おたより
2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選
みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇)
アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)
02 Jul 2021 #17 The same inputs, different outputs 01:45:58 ラボミーティング・研究所内セミナー形式についての雑談、フラッシュ論文紹介:海馬における空間・evidence表象、同一の刺激に対する神経活動の揺らぎに関する議論など(6/28収録)
Show notes:
フラッシュ論文紹介
宮脇
萩原
Editorial Notes:
おたより回、いつかやってみたいですね~(宮脇)
表象のDriftと、spine turnoverのような解剖学的な変化がcorrelativeに観える系があると説得力出そうだな、と思いました。ちなCovidで嗅覚をやられた知人が「感覚は回復したものの、大好きだったショウガの匂いがう◯この匂いに感じるようになってしまいツラい...」と言っており、あー末梢がやられてた間にidentityが保てないレベルで中枢がドリフトしてんだろうな〜と思うなど(萩原)
23 Sep 2023 #64 Foraging for the Sun 02:20:37 UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori , gmail )がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など(8/27 収録)
Show Notes (番組HP ):
Ediitorial Notes:
長い時間インタビューしていただきありがとうございました!大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです!ポスドク募集の詳細はここ とかここ を参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。(服部)
チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます(ただし夏に限る)。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇)
そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原)
08 Mar 2023 #54 It takes two 03:00:37 納税フラグ回収、同僚とのバックカントリー、Ben Barres自伝、フリーアドレスについて雑談。論文紹介は、学習時の場所表象変化、Disynaptic specificity、ConVERGD、非モデル生物Caイメージング、発達期の心臓の相転移、など (2/25収録)
Show Notes:
Editorial Notes:
どうも最近記憶してるreferenceの年が1-2年ズレる。単に歳なのか、paperpileが便利すぎて文献整理に記憶を必要としなくなっているからなのか(萩原)
イカ養殖手法開発がBSIディレクター就任に繋がるとは(脇)